1、bcftools提取指定区段的vcf文件

下载安装bcftools

见如下命令：

bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf

　　注意：输入的vcf以gz格式存在，不然会报错：Failed to open 1000Genomes.vcf: not compressed with bgzip

如何将vcf生成gz格式，见这篇文章bcftools将vcf生成bgzip和index格式

2、vcftools提取多个指定位置（不是一段区域）的vcf文件

如果只想提取指定多个独立位置（specific position）的基因型（genotypes），则可以用到vcftools工具

（此段感谢健明兄特意提出来，语言描述的不是很清楚。）

命令行如下：

vcftools --gzvcf file.vcf.gz --positions specific_position.txt --recode --out specific_position.vcf

　　specific_position.txt的输入格式如下：

1 842013

1 891021

1 903426

1 949654

1 1018704

参考链接：https://www.biostars.org/p/162872/

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