ghmm在 Linux 上安装

http://ghmm.sourceforge.net/documentation.html

http://www.ghmm.org

http://www.comp.leeds.ac.uk/roger/HiddenMarkovModels/html_dev/main.html

1）先安装pcre, libxml2

rhel6:

yum install pcre-devel
yum install libxml2
yum install libxml2-devel

ubuntu:

sudo apt-get install libpcre3 libpcre3-dev

你可能还需要安装
sudo apt-get install openssl libssl-dev
sudo apt-get install automake
sudo apt-get install libxml2-dev
sudo apt-get install pkg-config

2）再安装swig

ftp://pub:pub@pepstack.com/tarball/swig-3.0.10.tgz

./configure
make
sudo make install

3）安装ghmm

从下面的网址下载。原网站的代码里面含有很多错误。我都fix掉了。

ftp://pub:pub@pepstack.com/tarball/ghmm-0.9rc3-fix.tgz

cd ghmm
sh autogen.sh
vi ./configure

在15003行，修改：
$RM "$cfgfile"
为：
$RM -f "$cfgfile"
./configure
make
sudo make install

或者：

cd ghmm
sh autogen.sh
./configure
make
sudo make install
cd ghmmwrapper
python2.7 setup.py build
sudo python2.7 setup.py install

如果是anaconda2环境，则：

/opt/anaconda2/bin/python setup.py build
sudo /opt/anaconda2/bin/python setup.py install

最后：

rhel6:

sudo ln -s /usr/local/lib/libghmm.so.1 /usr/lib64/libghmm.so.1

ubuntu:

sudo ln -s /usr/local/lib/libghmm.so.1 /usr/lib/libghmm.so.1

试试吧：

python2.7 -c "import ghmm"

如果是anaconda2:

/opt/anaconda2/bin/python -c "import ghmm"

可以用c或python玩hmm了！

最新文章

1. Linux进程环境
2. ApiAuthValue鉴权机制总结
3. linux标准io的copy
4. highchart 设置双Y轴坐标 双x轴坐标方法
5. zabbix监控MySQL
6. Winsock IOCP模型（四篇）
7. 【转】linux_fdisk命令详解
8. Node.js小Httpserver
9. HDOJ/HDU 2544 最短路---dijkstra算法
10. 【译】ASP.NET MVC 5 教程 - 3：添加视图
11. Python 发展历史
12. 用burpsuite暴力破解后台
13. XML Publisher Report Issues, Recommendations and Errors
14. 移动端 rem适配方法
15. kafka 发送确认参数acks的几种模式
16. MFC从资源加载文本
17. 如何把一个杯子卖到上万元，不学你就OUT了
18. java 代理 agency
19. listview 异步加载
20. Jump Game - LeetCode

热门文章

1. 将 Net 项目升级 Core项目经验：（一）迁移Net项目为Net Core\Standard项目
2. 线程基础（CLR via C#）
3. ASP.NET MVC 中 View 的设计
4. [USACO 12JAN]Mountain Climbing
5. 为了异常安全(swap，share_ptr)——Effecive C++
6. 【NOIP2016TG】solution
7. [BZOJ]4805: 欧拉函数求和
8. C语言程序设计第二次作业——
9. 使用JdbcTemplate过程中使用到多个参数和like模糊
10. hibernate4整合spring3出现java.lang.NoClassDefFoundError: [Lorg/hibernate/engine/FilterDefinition;